Термін «пробіотики», що буквально означає «за життя», виник як альтернатива терміну «антибіотики», що буквально означає «проти життя». У 2001 р. робочою групою ВООЗ було надано сучасне визначення пробіотиків, яке зберігає свою актуальність: Пробіотики - це живі мікроорганізми, які при застосуванні в адекватних кількостях викликають покращення здоров'я організму господаря.
Більшість пробіотиків - це мікроорганізми, які продукують молочну кислоту і відносяться до типових представників нормальної мікробіоти людини. При відборі пробіотичних штамів використовуються чіткі критерії, відповідно до яких штами повинні бути безпечними, тобто не можуть володіти патогенними властивостями, повинні бути кислотостійкими - тобто зберігатися під впливом шлункового соку (або бактерії повинні бути укладені в кислотостійку капсулу), повинна проявлятися здатність виживати у просвіті кишківника.
Пребіотики є харчовим субстратом для корисних бактерій. Більш точно - згідно з визначенням, пребіотики: селективно ферментований інгредієнт, який викликає специфічні зміни, як у складі, так і у функціональній активності мікробіоти шлунково-кишкового тракту, які позитивно впливають на здоров'я організму господаря.